中国科学院大学教育基金会（简称基金会）由中国科学院大学发起，于2009年11月在民政部正式登记成立。

基金会致力于加强中国科学院大学与国内外各界的联系与合作，接受和管理社会各界为中国科学院大学的教育事业提供的各类捐赠，秉承“科教融合、育人为本、协同创新、服务国家”的办学理念，为建设创新型国家、培养高素质创新创业人才提供支持，为中国科学院大学和中国科学院各研究所募集和管理基金提供平台和服务。

基金会接受的捐赠主要用于支持中国科学院大学校本部学生人才培养和分布在全国各个中国科学院研究所的研究生教育。主要设立校级基金、分院/职能局分基金、研究所分基金和院系中心分基金。用于奖励优秀学生、资助贫困学生；奖励优秀导师、教师；改善教学设施；资助教学科研和教材出版；资助国际、国内学术交流和会议等。对特定的项目捐赠，可以按捐赠者的意愿定向使用。